மதுரை மாநகரும், மீனாட்சி அம்மன் கோயிலும் புராணங்களுடன் நெருங்கிய தொடர்பு கொண்டுள்ளதாக, பல்வேறு வரலாற்று ஆய்வாளர்கள் தெரிவிக்கின்றனர்.
இது தொடர்பாக, மீனாட்சி அம்மன் கோயில் குறித்து ஆய்வு செய்த பேராசிரியர் அம்பை மணிவண்ணன் கூறியதாவது: மதுரை கோயிலோடு தொடர்புடைய தல புராணம் திருவிளையாடற் புராணம். இதில், மதுரை மற்றும் கோயிலின் தோற்றம் பற்றி விளக்கப்பட்டுள்ளது. விருத்திராசுரன் என்ற அசுரன் தேவர்களுக்கும்,தேவர்களின் தலைவரான இந்திரனுக்கும் மிகவும் தொல்லைகள் தந்துள்ளான். இந்திரன் விருத்திராசுரனை அழிக்க முற்பட்டார். இந்திரனிடம் இருந்து தப்பிய அசுரன் ஒரு மலையில் சென்று மறைவான இடத்தில் தவம் செய்து வந்தான். அவனைத் தேடிப்பிடித்த இந்திரன் அவன் தவத்தில் இருந்ததை கருதிப் பார்க்காது, அவனை கொன்றான்.
பகைவனே ஆனாலும் தவத்தில் இருப்பவரைக் கொல்லக் கூடாது. இதனால் இந்திரனை பிரம்மஹத்தி தோஷம் பிடித்தது. அந்த பாவத்தில் இருந்து விடுபட விண்ணுலகில் இயலாது எனக் கருதிய இந்திரன், மண்ணுலக்குக்கு வந்து புண்ணிய தீர்த்தங்களில் நீராட எண்ணினான். அவ்வாறு இமயமலையில் இருந்து தெற்கு நோக்கி ஒவ்வொரு புண்ணிய தீர்த்தமாக நீராடி, கடைசியில் பாண்டிய நாட்டுக்கு வந்து சேர்ந்தான்.
அப்போது, ஒருநாள் கடம்பவனம் எல்லையோரமாக சென்றுகொண்டிருந்தபோது, தனது பாவம் முற்றிலும் விலகிவிட்டதாக உணர்ந்தான். தனது பாவம் திடீரென நீங்கியதால், அந்த இடத்துக்கு ஏதோ தொடர்பு இருக்கிறது எனக் கருதி, கடம்பவனத்தில் தேடிப்பார்த்தான். அங்கு ஒரு சிவலிங்கம் இருந்ததைக் கண்டான். இச்சிவலிங்கமே தன்னுடைய பாவத்தைப் போக்கியது என உணர்ந்து, அச்சிவலிங்கத்துக்கு பூஜை செய்து, சிவலிங்கம் இருந்த இடத்தில் எட்டுத் திசைகளுக்கும் எட்டு யானைகளை வைத்து இறைவனுக்கும் விமானத்தை அமைத்தான். அந்த எட்டு யானைகளே சுந்தரேசுவரர் குடிகொண்டிருக்கும் விமானத்தை தாங்கிக் கொண்டிருப்பதாகக் கருதப்படுகிறது.
இக்கதையை அடிப்படையாகக் கொண்டே கி.பி.16-ம் நூற்றாண்டில் கோயில் விமானம் எழுப்பியதுடன், எட்டு திசைகளிலும் எட்டு கல்யானைகளைக் கருவறையின் சுவர் பகுதி யில் இடம்பெறச் செய்தனர்.
மதுரை மாநகர்: தனஞ்சயன் என்ற வணிகன் ஒருகாலத்தில் வணிகத்தின்போது, வெளியூர் சென்றுவிட்டு ஊர் திருப்பியுள்ளான். வரும் வழியில் கடம்பவனத்தை கடந்தபோது, இருட்டி விட்டது. எனவே, அங்கே தங்கி காலையில் ஊருக்குச் செல்ல எண்ணினான். கடம்பவனத்துக்குள் இந்திரன் கட்டிய விமானத்துடன் கூடிய சிவபெருமான் கோயிலைக் கண்டு, இரவில் அந்த கோயிலுக்குள் உறங்கியுள்ளான்.
காலையில் எழுந்து பார்த்தபோது, இரவில் யாரோ வந்து இறைவனுக்கு பூஜை செய்திருக்கும் அடையாளங்களை கண்டான். அப்போது, பாண்டிய மன்னரின் தலைநகரான மணலூருக்குச் சென்று மன்னன் குலசேகரபாண்டியனிடம் நடந்த விவரத்தைக் கூறியுள்ளான். இதை அறிந்த மன்னன் கோயிலை அடைந்து வணங்கியுள்ளான். அன்றிரவு இறைவன் மன்னனின் கனவில் தோன்றி கடம்பவனத்தில் நகர் ஒன்றை உருவாக்குமாறு கூறியுள்ளார். நகரை எப்படி நிர்மாணிப்பது என இறைவனை வேண்டி மன்னர் நின்றபோது, சித்தர் வேடத்தில் வந்த இறைவன், நகரை அமைக்கும் விதம் குறித்து எடுத்தியம்பியுள்ளார்.
அதன்பின்னர், சிவலிங்கம் இருந்த இடத்தை மையமாகக் கொண்டு மதுரை நகர் உருவாக்கப்பட்டது. மீனாட்சி - சுந்தரேசுவரர் கோயில் தாமரை மலரின் மொட்டு போன்றும், சுற்றிலும் நான்குபுறத்திலும் உள்ள வீதிகள் மலரின் இதழ்கள் போலவும் அமைந்துள்ளன. இவ்வீதிகள் கோயிலில் நடக்கும் மாத விழாக்களோடு தொடர்புடையன. உதாரணமாக, கோயில் வளாகத்திலுள்ள ஆடி வீதிகள் வளாகத்துக்கு வெளியிலுள்ள சித்திரை வீதிகள், அடுத்துள்ள ஆவணி மூலவீதிகள், அதற்கு அடுத்து மாசி வீதிகள் என அமைந்துள்ளன. இவ்வீதிகள் நான்கு திசையிலும் அந்தந்த திசையைச் சேர்த்துப் பெயர்களாகியுள்ளன. இவ்வாறு அவர் கூறினார்.