வாஜ்பாயி பிரதமராக இருந்த போது அவரது அமைச்சரவையில் இணை அமைச்சராக இருந்த முன்னாள் மத்திய அமைச்சர் திலிப் ரே மற்றும் சிலரை 1999 ஜார்கண்ட் நிலக்கரி ஊழல் வழக்கில் சிறப்பு நீதிமன்றம் குற்றவாளிகள் என்று தீர்ப்பளித்துள்ளது.
சிறப்பு நீதிமன்ற நீதிபதி பாரத் பராஷர், முன்னாள் மத்திய அமைச்சர் திலிப் ரே மீது கிரிமினல் சதி குற்றச்சாட்டு உட்பட பல ஊழல் புகார்களிலும் இவரை குற்றவாளி என்று தீர்ப்பளித்தார்.
அந்தக் காலக்கட்டத்தில் நிலக்கரி அமைச்சகத்தில் இருந்த 2 மூத்த அதிகாரிகளான பிரதீப் குமார் பானர்ஜி, நித்யானந்த் கவுதம், கேஸ்ட்ரன் டெக்னாலஜிஸ் நிறுவனத்தின் இயக்குநர் மகேந்திர குமார் அகர்வாலா ஆகியோரையும் குற்றவாளிகள் என தீர்ப்பளித்தது.
இவர்களுக்கான தண்டனை அக்டோபர் 14ம் தேதி அறிவிக்கப்படும்.
1999ம் ஆண்டு ஜார்கண்ட் மாநிலத்தில் உள்ள கிரிதியில் உள்ள பிரம்மதிஹா நிலக்கரிச் சுரங்கத்தை சிடிஎல் நிறுவனத்துக்கு அளிப்பது தொடர்பான வழக்காகும் இது.